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Mechanisms of Carcinogenesis - Epigenetics Group

Recent Publications - 12 most recent publications

1. Degli Esposti D., Sklias A., Lima S. C., Beghelli-de la Forest Divonne S., Cahais V., Fernandez-Jimenez N., Cros M. P., Ecsedi S., Cuenin C., Bouaoun L., Byrnes G., Accardi R., Sudaka A., Giordanengo V., Hernandez-Vargas H., Pinto L. F., Van Obberghen-Schilling E., Herceg Z. (2017) Unique DNA methylation signature in HPV-positive head and neck squamous cell carcinomas Genome Med; 9(1):33. PMID: 28381277

2. Ambatipudi S., Horvath S., Perrier F., Cuenin C., Hernandez-Vargas H., Le Calvez-Kelm F., Durand G., Byrnes G., Ferrari P., Bouaoun L., Sklias A., Chajes V., Overvad K., Severi G., Baglietto L., Clavel-Chapelon F., Kaaks R., Barrdahl M., Boeing H., Trichopoulou A., Lagiou P., Naska A., Masala G., Agnoli C., Polidoro S., Tumino R., Panico S., Dolle M., Peeters P. H., Onland-Moret N. C., Sandanger T. M., Nost T. H., Weiderpass E., Quiros J. R., Agudo A., Rodriguez-Barranco M., Huerta Castano J. M., Barricarte A., Fernandez A. M., Travis R. C., Vineis P., Muller D. C., Riboli E., Gunter M., Romieu I., Herceg Z. (2017) DNA methylome analysis identifies accelerated epigenetic ageing associated with postmenopausal breast cancer susceptibility Eur J Cancer; 299-307. PMID: 28259012

3. Vineis P., Chadeau-Hyam M., Gmuender H., Gulliver J., Herceg Z., Kleinjans J., Kogevinas M., Kyrtopoulos S., Nieuwenhuijsen M., Phillips D. H., Probst-Hensch N., Scalbert A., Vermeulen R., Wild C. P. (2017) The exposome in practice: Design of the EXPOsOMICS project Int J Hyg Environ Health; 220(2):142-151. PMID: 27576363

4. Holmila R., Sklias A., Muller D. C., Degli Esposti D., Guilloreau P., McKay J., Sangrajrang S., Srivatanakul P., Hainaut P., Merle P., Herceg Z., Nogueira da Costa A. (2017) Targeted deep sequencing of plasma circulating cell-free DNA reveals Vimentin and Fibulin 1 as potential epigenetic biomarkers for hepatocellular carcinoma PLoS ONE; 12(3):e0174265. PMID: 28333958

5. Beltrami C. M., Dos Reis M. B., Barros-Filho M. C., Marchi F. A., Kuasne H., Pinto C. A. L., Ambatipudi S., Herceg Z., Kowalski L. P., Rogatto S. R. (2017) Integrated data analysis reveals potential drivers and pathways disrupted by DNA methylation in papillary thyroid carcinomas Clin Epigenetics; 45. PMID: 28469731

6. Joehanes R., Just A. C., Marioni R. E., Pilling L. C., Reynolds L. M., Mandaviya P. R., Guan W., Xu T., Elks C. E., Aslibekyan S., Moreno-Macias H., Smith J. A., Brody J. A., Dhingra R., Yousefi P., Pankow J. S., Kunze S., Shah S. H., McRae A. F., Lohman K., Sha J., Absher D. M., Ferrucci L., Zhao W., Demerath E. W., Bressler J., Grove M. L., Huan T., Liu C., Mendelson M. M., Yao C., Kiel D. P., Peters A., Wang-Sattler R., Visscher P. M., Wray N. R., Starr J. M., Ding J., Rodriguez C. J., Wareham N. J., Irvin M. R., Zhi D., Barrdahl M., Vineis P., Ambatipudi S., Uitterlinden A. G., Hofman A., Schwartz J., Colicino E., Hou L., Vokonas P. S., Hernandez D. G., Singleton A. B., Bandinelli S., Turner S. T., Ware E. B., Smith A. K., Klengel T., Binder E. B., Psaty B. M., Taylor K. D., Gharib S. A., Swenson B. R., Liang L., DeMeo D. L., O'Connor G. T., Herceg Z., Ressler K. J., Conneely K. N., Sotoodehnia N., Kardia S. L., Melzer D., Baccarelli A. A., van Meurs J. B., Romieu I., Arnett D. K., Ong K. K., Liu Y., Waldenberger M., Deary I. J., Fornage M., Levy D., London S. J. (2016) Epigenetic Signatures of Cigarette Smoking Circ Cardiovasc Genet; 9(5):436-447. PMID: 27651444

7. Esposti D. D., Hernandez-Vargas H., Voegele C., Fernandez-Jimenez N., Forey N., Bancel B., Le Calvez-Kelm F., McKay J., Merle P., Herceg Z. (2016) Identification of novel long non-coding RNAs deregulated in hepatocellular carcinoma using RNA-sequencing Oncotarget; 7(22):31862-77. PMID: 26887054

8. Ambatipudi S., Cuenin C., Hernandez-Vargas H., Ghantous A., Le Calvez-Kelm F., Kaaks R., Barrdahl M., Boeing H., Aleksandrova K., Trichopoulou A., Lagiou P., Naska A., Palli D., Krogh V., Polidoro S., Tumino R., Panico S., Bueno-de-Mesquita B., Peeters P. H., Quiros J. R., Navarro C., Ardanaz E., Dorronsoro M., Key T., Vineis P., Murphy N., Riboli E., Romieu I., Herceg Z. (2016) Tobacco smoking-associated genome-wide DNA methylation changes in the EPIC study Epigenomics; 8(5):599-618. PMID: 26864933

9. van der Mei I., Lucas R. M., Taylor B. V., Valery P. C., Dwyer T., Kilpatrick T. J., Pender M. P., Williams D., Chapman C., Otahal P., Ponsonby A. L. (2016) Population attributable fractions and joint effects of key risk factors for multiple sclerosis Mult Scler; 22(4):461-9. PMID: 26199349

10. Joubert B. R., Felix J. F., Yousefi P., Bakulski K. M., Just A. C., Breton C., Reese S. E., Markunas C. A., Richmond R. C., Xu C. J., Kupers L. K., Oh S. S., Hoyo C., Gruzieva O., Soderhall C., Salas L. A., Baiz N., Zhang H., Lepeule J., Ruiz C., Ligthart S., Wang T., Taylor J. A., Duijts L., Sharp G. C., Jankipersadsing S. A., Nilsen R. M., Vaez A., Fallin M. D., Hu D., Litonjua A. A., Fuemmeler B. F., Huen K., Kere J., Kull I., Munthe-Kaas M. C., Gehring U., Bustamante M., Saurel-Coubizolles M. J., Quraishi B. M., Ren J., Tost J., Gonzalez J. R., Peters M. J., Haberg S. E., Xu Z., van Meurs J. B., Gaunt T. R., Kerkhof M., Corpeleijn E., Feinberg A. P., Eng C., Baccarelli A. A., Benjamin Neelon S. E., Bradman A., Merid S. K., Bergstrom A., Herceg Z., Hernandez-Vargas H., Brunekreef B., Pinart M., Heude B., Ewart S., Yao J., Lemonnier N., Franco O. H., Wu M. C., Hofman A., McArdle W., Van der Vlies P., Falahi F., Gillman M. W., Barcellos L. F., Kumar A., Wickman M., Guerra S., Charles M. A., Holloway J., Auffray C., Tiemeier H. W., Smith G. D., Postma D., Hivert M. F., Eskenazi B., Vrijheid M., Arshad H., Anto J. M., Dehghan A., Karmaus W., Annesi-Maesano I., Sunyer J., Ghantous A., Pershagen G., Holland N., Murphy S. K., DeMeo D. L., Burchard E. G., Ladd-Acosta C., Snieder H., Nystad W., Koppelman G. H., Relton C. L., Jaddoe V. W., Wilcox A., Melen E., London S. J. (2016) DNA Methylation in Newborns and Maternal Smoking in Pregnancy: Genome-wide Consortium Meta-analysis Am J Hum Genet; 98(4):680-96. PMID: 27040690

11. Showeil R., Romano C., Valganon M., Lambros M., Trivedi P., Van Noorden S., Sriraksa R., El-Kaffash D., El-Etreby N., Natrajan R., Foroni L., Osborne R., El-Bahrawy M. (2016) The status of epidermal growth factor receptor in borderline ovarian tumours Oncotarget; 7(9):10568-77. PMID: 26870997

12. Vuong T., Mallet J. F., Ouzounova M., Rahbar S., Hernandez-Vargas H., Herceg Z., Matar C. (2016) Role of a polyphenol-enriched preparation on chemoprevention of mammary carcinoma through cancer stem cells and inflammatory pathways modulation J Transl Med; 14(13):1-12. PMID: 26762586